冤罪の可能性-STAP細胞の正体はES細胞かどうか解らない

STAP細胞STAP細胞はES細胞から作られたと結論されていますが、3つの理由からまだ解明されていないと考えています。STAP細胞とも言えません(再現未確認)。 他の幹細胞由来や、若山研究室でも研究していた始原生殖細胞等との共培養による何かの影響(故意か偶発的汚染かは未知)の可能性もあるかもしれません。

ES細胞からFI幹細胞を作ろうとすると死滅する(2014年12月19日理研CDB会見)

報道されていませんが、もし仮に小保方さんがES細胞を手渡していたとしても若山照彦博士がFI幹細胞をつくろうとFgf4に暴露すると死滅すると実験で確認され、報告されました(日経サイエンスの古田彩記者との質疑)。再現もとれることと思います。FI幹細胞を作成した回数は一回ではありません。

トリソミー8だからES細胞説 by 遠藤高帆博士

遠藤博士が解析したSTAP細胞のタイプが未知で、本来あるはずの状態が未知なため、オンライン上のcRNAデータは最小サンプルサイズを扱う用のSMARTerキットを使用した採取ではあったけれど、もし仮にそういう採取でもゲノムの大きな割合をデータはカバーできていたはずだと仮定しても、129とB6の比率をそれぞれ50%という遠藤博士の解析の前提が的確かどうか不確定なため、トリソミー8の確定診断は無理です。

信用の薄いオンラインデータ

遠藤高帆博士が解析されたオンラインデータの信頼性が低い。(論文発表2014年1月29日から約1か月後のアップロード)

「遠藤氏の専門はこのNGSデータの解析だ。本来論文発表と同時に公開される規定になっているデータが公開されたのは2月27日で、遠藤氏はさっそくこれを調べ、意外な事実を見いだした。」p47,"事実究明へ科学者たちの360日"古田彩・詫摩雅子, 日経サイエンス2015年3月号

データのチェックサムを若山照彦博士がおこなっている

容疑者なので、どんなに信頼が高い研究者でも疑わなければならないため、データの信頼性が落ちてしまいます。

解析したSTAP細胞データのタイプがわからない

遠藤博士の論文:Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency
理研のレポート:STAP cells are derived from ES cells

遠藤博士が解析したSTAP細胞と同じタイプの細胞は解析で見つかっておらず、未知のタイプの細胞です。

染色体第19番

遠藤博士の解析-129タイプの遺伝子がほとんど 性染色体も129タイプの遺伝子がほとんど

理研解析の各種細胞-B6タイプが多く含まれる。(若山博士がバッククロスして作成した129cag-GFPマウス含む)

性染色体

遠藤博士の解析-129タイプの遺伝子がほとんど

理研解析の各種細胞-129タイプの遺伝子がほとんどのものでかつ染色体第19番129タイプがほとんどのものがない

トリソミー8・遠藤高帆

STAP cells are derived from ES cells

STAP細胞関連株はES細胞と同じタイプの遺伝子だからES細胞だ by 調査委,2014年12月25日

そうとまではいえない。山梨大若山研究室からSTAP幹細胞として保管されていたものをES細胞として提出する等も可能です。

1.比較したES細胞の記録がない(市民側が京都大学等へ資料の提出を求めてもみつけられていないため、同一性の確認ができない)。

2.中国人留学生作成ES細胞窃盗容疑案件にて、神戸地検は事件の発生自体を疑った結果になった。2014年の騒動以降、小保方研究室の冷凍庫を誰かが触った可能性を否定できない状態にある。各種細胞の同一性への信頼は不確定。

「理化学研究所(神戸市)の研究室から胚性幹細胞(ES細胞)が盗まれた疑いがあるとして告発され、兵庫県警が容疑者を特定せず捜査結果を書類送付した事件について、神戸地検は18日、嫌疑不十分で不起訴処分とした。「事件の発生自体が疑わしい」と判断した。」"ES細胞窃盗容疑は不起訴 兵庫県警が小保方氏聴取も神戸地検「事件疑わしい」 弁護側は「告発自体おかしい」"2016年5月18日産経WEST

3.ES細胞の提供は研究不正容疑をかけられたもう一方側の山梨大学若山研究室経由。試料の保全をかけられていないため証拠能力が薄い。

科学の議論におけるSTAP細胞(刺激惹起性多能性獲得細胞)への考察は各国の幹細胞専門家のコミュニティーにて考察されるものだと思いますが、ここでは研究不正(事件性)の次元について考えました。
参考:Characterization of an Injury Induced Population of Muscle-Derived Stem Cell-Like Cells Scientific Reports 5, Article number: 17355 (2015)
Modified STAP conditions facilitate bivalent fate decision between pluripotency and apoptosis in Jurkat T-lymphocytes BBRC, Volume 472, Issue 4, 15 April 2016, Pages 585–591
Investigation of the cellular reprogramming phenomenon referred to as stimulus-triggered acquisition of pluripotency (STAP) Scientific Reports 6, Article number: 28003 (2016) doi:10.1038/srep28003