STAP細胞解析GFP遺伝子と理研コンタミ事件

職場と共著者の保管データ(≒論文データ)解析と理研コンタミ事件

STAP細胞はES細胞と断定できない」はこちら

下記の結果は一部2014年7月22日に訂正されました

論文発表23日後に公開された論文遺伝子データの解析はこちら

保管資料調査が「放医研」と「理研」という文部科学省下の利害が同方向の機関で行われました。(今回の問題は特定法人指定と巨額予算が背景にあると噂されています。)※(2)
若山研由来の18番染色体にホモでGFPが入っている細胞だけでなく、由来不明の15番染色体にヘテロでGFPが入っているFLS細胞が見つかり、さらにそれの129B6F1B6129F1の2種類である可能性もあり両機関への確認が必要です。(15番染色体にGFPが入っているマウスは大阪大学岡部勝氏作製のC57BL/6-Tg (CAG-EGFP) C15-001-FJ001Osbと関係した種類(RBRC01984, RBRC02075)等の可能性があります。(pdf))

C57BL/6-Tg (CAG-EGFP) C15-001-FJ001Osb :
practically homo lethal. very bright in hemizygous. The chromose integration site is D region of chromosome 15. This line is distributed through Jackson Lab as C57BL/6-TgN(ACTbEGFP)1Osb (Jackson Labs stock 003291). Old names; TgN(b-act-EGFP)Osb, C57BL/6Tg15(act-EGFP)Osb1,C57BL/6CrSlcTgN(act-EGFP)OsbC15-001-FJ001, and C57BL/6-Tg(Act-EGFP)C15-001-FJ001Os

Green mouse lines※(1)

また、若山研由来の18番染色体にGFPが入っている若山氏によれば129/svのはずの129B6F1が見つかりました。
憶測ですが、オスばかりが見つかったのは、X連鎖優性遺伝によりメスが致死である可能性を感じました。

理研、マウス誤提供 41機関に、注文と違う遺伝子 2014年6月22日朝日新聞

2014年6月22日朝日新聞にて理研バイオリソースセンターの大規模長期のマウス取り違え販売事件が報道されました。このようなヒューマンエラーの不具合も発生します。また、重要な研究をしている施設は産業スパイ事件もたまに発生します。原因はきちんと調べなくては解らないと思います(解らない場合も多々あります)。今回の論文不正事件は、あまりにも稚拙な画像ミスが連発したためにそれに引きずられてまったくの捏造があるはずだという強い思いを社会全体で形成した可能性もまた、捨てられないと思うのです。

2014年6月13日 万能細胞:STAP幹細胞、8株で元と違う場所に遺伝子

いつものように毎日新聞からリーク記事が出てきました。

STAP細胞から作った「STAP幹細胞」で、元のマウスと異なる不自然な遺伝子の特徴が確認された問題で、詳細な解析結果が12日、理化学研究所の外部識者による改革委員会で明らかになった。
毎日新聞 2014/06/13

ES細胞だ説を一貫して主張される遠藤高帆博士達

kahoの日記の遠藤高帆博士の周辺では、TCR再構成がSTAP細胞では見られないという解析結果を出されたことから(他の研究者によるこの解析に対する批評は不明)、STAP細胞の非存在とES細胞仮説をずっと唱えています。笹井博士はTCR再構成は補助的証拠と考えられているようです。丹羽博士は率直に証明が弱いと述べておられます。

2014年6月16日午後2時若山昭照彦博士の会見

2014年6月16日午後2時から、若山先生の会見がありました。報道関係者用資料(毎日新聞)
なぜか放射線医学総合研究所へ依頼されたようです。
STAP幹細胞にはトリソミーは無い、若山研究室から提出した細胞ではない、ということです。

STAP細胞論文の共著者である山梨大の若山照彦教授が16日記者会見し、自らの研究室に保管しておいた細胞に関する第三者機関の分析結果を公表した。… 小保方氏から受け取ったSTAP細胞を培養して無限に増殖するようにしたとされる「STAP幹細胞」の遺伝子を放射線医学総合研究所(放医研)に依頼して調べた。
「STAPの存在否定する結果」 共著の若山教授が公表 2014/6/17 1:05日本経済新聞オンライン版速報

2014年6月16日 理化学研究所が資料発表

同日、オンライン上で理化学研究所が同じ調査に対してひっそりと資料を発表しました。

2014年6月16日 「STAP細胞:小保方研究室に「ES」と書かれた容器」

出来すぎた演出のようでやや「うさんくささ」も感じるのですが、騒動勃発後4ヶ月経過後、若山氏の会見と同時に関係者談が報道されました。

理化学研究所の小保方晴子研究ユニットリーダーらが使っていた研究所内の冷凍庫から「ES」と書かれたラベルを貼った容器が見つかり、中の細胞を分析したところ共同研究者の若山教授の研究室で保存されていた、STAP細胞を培養したものだとする細胞と遺伝子の特徴が一致したとする分析結果がまとまっていたことがわかりました。 …理化学研究所の関係者によりますと、分析結果をまとめたのは、小保方リーダーが所属する神戸市の理化学研究所発生・再生科学総合研究センターの研究者らのグループです。…理化学研究所は「小保方研究室で見つかったESと書かれたラベルの細胞とSTAP細胞から作ったという細胞の特徴が一致したのは事実だ。 これだけでSTAP細胞がES細胞だったと結論付けることはできないが、今後さらに詳しく検証を進めていきたい」とコメントしています。
冷凍庫内に「ES」記載容器」NHKオンライン06月16日 19時09分
◇若山教授研究室で保存の解析「STAP幹細胞」と一致
「STAP細胞」の論文不正問題で、理化学研究所の関係者によると、
理化学研究所発生・再生科学総合研究センター(CDB、神戸市)の小保方(おぼかた)晴子・研究ユニットリーダーの研究室の冷凍庫からラベルに「ES」と書かれた容器が見つかった。
理研が容器内の細胞の遺伝子を解析したところ、15番染色体に、細胞を光らせる遺伝子が挿入されており、若山照彦・山梨大教授の研究室に保存されていたSTAP幹細胞を第三者機関が解析した結果と一致していた。
理研は「この細胞がES細胞(胚性幹細胞)であるかどうかや、若山教授に渡したものと同一か不明」とし、今後も検証を続ける。
 小保方氏が「STAP細胞」として若山教授に渡した細胞が、実際にはES細胞だった可能性が指摘されているが、小保方氏は否定している。 【斎藤広子】
「STAP細胞:小保方研究室に「ES」と書かれた容器」毎日新聞 2014年06月16日 23時32分

若山氏+放医研の解析、理研解析、小保方研究室冷凍庫細胞の比較

FLS(脂肪肝)マウス

若山研由来ではないGFPが入っているだけでなく、若山博士+放医研と、理化学研究所の株は異なる系の別物の可能性があるようです。

FLS(STAP幹細胞)マウス
FLSマウス 若山研
公式取扱
若山氏保管
小保方分
1~8

理研保管
小保方分
FLS-3,
FLS-4

理研CDB
小保方研
冷蔵庫

性別   ?
  8 2 ?
129B6F1-GFP 129B6F1 B6129F1 ?
GFP
遺伝子
挿入
染色体
18 15
複数コピー
≧4
タンデム
15
CAG-GFP
複数コピー
タンデム
15
GFP
遺伝子
ホモ ヘテロ ヘテロ ?

FLS-Tマウス(論文へは未記載)
FLS-Tマウス (論文へは未記載)
FLS-T
マウス
若山研
公式取扱
若山氏保管
小保方分

理研保管
小保方分

性別   ?
  2 ?
126B6F1-GFP 126B6F1 ?
GFP
遺伝子
挿入
染色体
18 18 ?
GFP
遺伝子
ホモ ホモ ?
ACP129マウス

GFPは若山研由来のようですが、交雑しているようです。

ACP129マウス
STAPという名前が用いられる前に129/Sv-GFPから作られたSTAP幹細胞。
ACP129マウス (Animal Callus・愛称) 幹細胞=STAP幹細胞
FLSマウス

若山研
公式取扱

若山氏保管
小保方分
理研保管
小保方分
ACP129-1,
ACP129-2
性別  
  8 2
129/Sv 129B6F1 129B6F1
GFP
遺伝子
挿入
染色体

CAG-GFP
18

18

CAG-GFP
1コピー
18

GFP
遺伝子
    ホモ

GLSマウス
GLSマウス
FLSマウス 若山研
公式
若山氏保管
小保方分
理研保管
小保方分
GLS-1,
GLS-11
性別   ♀13株全て
(核型解析
Y染色体
一部欠失)
  2体/
13株山梨大
のうち
 
B6   B6
GFP
遺伝子
挿入
染色体
Oct-GFP   Oct4-GFP
GFP
遺伝子
     
※(1) ※(2)